Uruchomienie kursów do Tarnowa na tyle zaogniło sytuację, że Koleje Małopolskie, które nie miały dość swojej kadry, przygotowywały się do pożyczenia brakujących ludzi… w Warszawie. Przewozy Regionalne odmówiły pomocy i współpracy w tej sprawie. W końcu jednak obie spółki porozumiały się. Trasę z Krakowa do Tarnowa obsługuje dwóch przewoźników, którzy między sobą podzielili się kursami.
Chociaż podczas premiery nowoczesnych składów SKA w Tarnowie było radośnie i uroczyście, pojawiła się pogłoska, że Koleje Małopolskie, należące do woj. małopolskiego, które zagarnęły niemal wszystkie połączenia Kraków – Tarnów – Kraków, nie są dostatecznie przygotowane do realizacji nowego rozkładu jazdy. Powód: niedostatek maszynistów i kierowników pociągów.
Obecny na spotkaniu Ryszard Rębilas, prezes Kolei Małopolskich, dementował złowieszcze pogłoski. Wprawdzie potwierdzał, że na początku mieli trudności z zapewnieniem 100-procentowej obsady, ale problem został już rozwiązany.
– Na mocy porozumienia z Kolejami Mazowieckimi będziemy mogli sięgać po maszynistów z tej spółki – powiedział. – Zostaną nam użyczeni na określony czas. Plan połączeń nie jest zagrożony.
Mimo tych uspokajających deklaracji Koleje Małopolskie postanowiły jednak porozumieć się z Przewozami Regionalnymi. Nastąpiło to na dzień przed wprowadzeniem rozkładu jazdy. Warto w tym miejscu przypomnieć, że to marszałek województwa organizuje pracę wymienionych dwóch przewoźników i opracowuje dla nich plan przejazdów. W związku z nowym rozkładem Przewozy Regionalne, które straciły niektóre połączenia do Tarnowa i na innych małopolskich trasach, zarzuciły marszałkowi województwa, że faworyzuje spółkę powołaną przez województwo. Zdenerwowany sytuacją Krzysztof Mamiński, prezes zarządu Przewozów Regionalnych, jeszcze niedawno pytał publicznie, czy Koleje Małopolskie, które przejmują znaczną część połączeń, mają dostateczną liczbę pracowników, a także infrastrukturę związaną z systemami obsługi pasażerów i sprzedaży biletów. W konflikt zaangażował się Związek Zawodowy Maszynistów, który zaapelował do swoich ludzi o niepodejmowanie zatrudnienia w Kolejach Małopolskich, a także niektórzy politycy.
Biuro Prasowe Urzędu Marszałkowskiego odrzucało argument, że Przewozy Regionalne są dyskryminowane, ale podkreślało, że „Małopolska konsekwentnie realizuje plan stopniowego obejmowania wszystkich regionalnych połączeń wzorową jakością usług przewozowych o wysokim standardzie i świadczonej nowoczesnymi pociągami, zlecając prace przewozowe cieszącej się olbrzymią popularnością i świetną opinią spółce Koleje Małopolskie”. Województwo nie po raz pierwszy chciało zaznaczyć techniczną wyższość swego taboru nad taborem konkurenta.
Narastający spór został zażegany w ostatniej chwili. Wydaje się, że urząd marszałkowski do porozumienia z Przewozami Regionalnymi został przymuszony sytuacją. Chociaż w Tarnowie prezes Kolei Małopolskich zapewniał, iż problemy kadrowe spółka rozwiązała i nawet ma do czynienia z nadmiarem pracowników, to jednak marszałek województwa, Jacek Krupa przyznał potem, że „było ryzyko zawirowań” , gdyż liczba załóg trakcyjnych w Kolejach Małopolskich jest „na styk”.
Z tych powodów KM musiały odpuścić i trochę „posunąć” się na torach tak, by skorzystał na tym zbuntowany konkurent. W wyniku osiągniętego porozumienia na trasie Kraków – Tarnów – Kraków jeździ obecnie 28 składów KM oraz 20 PR. Według wcześniejszego planu Koleje Małopolskie miały mieć 30 pociągów. Na nowej umowie Przewozy Regionalne najbardziej zyskały w przypadku linii SKA Kraków – Sędziszów, na której przejęły wszystkie połączenia. Koleje Małopolskie zrezygnowały z wypożyczenia dodatkowych pracowników z Mazowsza.
